Le conseil d'administration de l'EPA compte 26 membres désignés pour 3 ans représentant :
Les collectivités possèdent la majorité des voix.
Le conseil d'administration se réunit 4 fois par an et chaque séance donne lieu à une importante préparation visant à assurer les meilleures conditions d'information et de débat. En particulier, avant chacune de ses réunions :
D'une manière générale, le fonctionnement de l'EPA est conçu pour favoriser l'appropriation des projets par le territoire.
Sur les grands projets, les jurys des consultations, mais aussi des groupes de travail thématiques sont constitués entre des représentants de l'État, de la Région, du Département et de la commune concernée.
Ce partage alimente la solidarité du territoire autour de la grande opération d'urbanisme (autre dénomination de l'OIN). Ainsi, si la majorité absolue suffit réglementairement à prendre les décisions, elles sont généralement prises à l'unanimité, qu'elles soient de portée globale, comme le projet stratégique directeur, ou qu'elles concernent une commune en particulier, comme le projet de renouveau de Villeneuve-Saint-Georges (PNRQAD) ou le plan guide des Ardoines à Vitry-sur-Seine.