Créé en mai 2007, l'établissement public d'aménagement (EPA) Orly Rungis - Seine Amont est une structure partenariale associant l'État, la région Île-de-France, le département du Val-de-Marne et les douze communes concernées par l'opération d'intérêt national. Son conseil d'administration, qui réunit l'ensemble des partenaires, est le lieu d'une gouvernance partagée du projet entre les élus du territoire et les représentants de l’État.
M. Laurent Garnier, Vice-président en charge de l'Aménagement au Conseil général du Val-de-Marne, est le président du conseil d'administration de l'EPA.
Un conseil consultatif des acteurs économiques et sociaux du territoire, lieu de dialogue et de concertation, a en outre été institué.
Remarque : l'opération d'intérêt national est aussi appelée grande opération d'urbanisme.
L'EPA est l'outil d'ingénierie au service de l'OIN. Installé au cœur du territoire, à Choisy-le-Roi, il rassemble 35 personnes qui assurent deux missions fondamentales :
M. Jacques Touchefeu est le directeur général de l'EPA Orly Rungis - Seine Amont.
Le financement de l'établissement est réparti en quatre quarts entre l'État, la Région, le Département et les communes (au prorata des capacités de chacune).